EIGRP поддерживает возможность маршрутизации ряда других протоколов, в том числе IPv4 и IPv6, используя протоколозависимые модули (protocol-dependent module, PDM). Хотя теперь это и устарело, EIGRP также использует модули PDM для маршрутизации протоколов сетевого уровня IPX компании Novell и AppleTalk компании Apple Computer.

Модули PDM отвечают за задачи, связанные с конкретным протоколом сетевого уровня. Примером является модуль EIGRP, используемый для передачи и получения пакетов EIGRP, инкапсулированных в IPv4. Этот модуль также отвечает за анализ пакетов и EIGRP и передачу в алгоритм DUAL новых полученных данных. EIGRP использует алгоритм DUAL для принятия решений о маршрутизации, но результаты хранятся в таблице маршрутизации IPv4.

Модули PDM отвечают за конкретные задачи маршрутизации для каждого протокола сетевого уровня, в числе которых:

Обнаружив новое соседнее устройство, маршрутизатор вносит запись, содержащую адрес и интерфейс соседнего устройства, в таблицу соседних устройств. Для каждого модуля, зависящего от протокола, например для IPv4, ведется одна таблица соседних устройств. Для протокола EIGRP также ведется таблица топологии. Таблица топологии содержит все сети назначения, объявленные соседними маршрутизаторами. Таблица топологии также ведется отдельно для каждого PDM.